ImageJ, desenvolupat amb Java, pot mostrar, editar, analitzar, processar, guardar i imprimir imatges de 8, 16 i 32 bits en color i escala de grisos. Pot llegir molts formats d'arxiu d'imatge, incloent TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM i FITS, així com formats RAW. És compatible amb les funcions estàndard de processament d'imatges, com ara operacions lògiques i aritmètiques entre imatges, manipulació de contrast, nitidesa, suavitzat, detecció de vores, convolució, anàlisi de Fourier, etc.