PHYLIP (Phylogeny Inference Package) és un paquet de programes per inferir filogènies (arbres evolutius). Mètodes que estan disponibles en el paquet inclouen parsimònia, matriu de distància, i mètodes de probabilitat, incloent arbres bootstrapping i de consens. Els tipus de dades que poden ser manejats inclouen seqüències moleculars, freqüències de gens, llocs de restricció i fragments, matrius de distància, i els caràcters discrets.