Anaconda és una distribució de Python i R que inclou més de 100 paquets per a tractament de dades científiques de Python, R i Scala. Paquets per al processament de dades a gran escala, l'anàlisi predictiu, i la informàtica científica.

Aptana Studio és un entorn de desenvolupament integrat per a aplicacions web basat en Eclipse i que proveeix suport per a llenguatges com: Php, Python, Ruby, CSS, Ajax, HTML i Adobe AIR. Té la possibilitat d'incloure complements per a nous llenguatges i funcionalitats.

Avogadro és un editor molecular lliure, de codi obert, dissenyat per a un ús flexible en química computacional, modelatge molecular, bioinformàtica, ciència de materials i àrees relacionades.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) troba regions de similitud entre les seqüències biològiques. El programa compara seqüències de nucleòtids o de proteïnes amb bases de dades de seqüència i calcula la significació estadística.

CmapTools, és un programari freeware, que permet construir, navegar, compartir i criticar models de coneixement representats com a mapes conceptuals. Permet als usuaris, entre moltes altres característiques, construir models Cmaps en el seu ordinador personal, compartir-los en servidors en qualsevol lloc a Internet, enllaçar els seus Cmaps a altres Cmaps en servidors, crear automàticament pàgines web dels seus mapes conceptuals en els servidors.

La GNU Compiler Collection (gcc) és un conjunt de compiladors de llenguatges de programació realitzat pel sistema GNU (GNU no és Unix). Així doncs, és programari lliure distribuït per la Free Software Foundation (FSF) sota la llicència GNU General Public License (GPL), i és un dels components clau de les eines de GNU. Inclou compiladors de C, C++, Objetive-C, Java, Ada, Fortran i Go.

Gephi és una eina que permet explorar i comprendre grafs. L’usuari pot interactuat amb la representació del graf, manipular les estructures, formes i colors per revelar patrons ocults. L'objectiu és ajudar els analistes de dades per fer hipòtesis, intuïtivament descobrir patrons, aïllar les singularitats de l'estructura o errors al llarg de l'aprovisionament de dades.

Git és un programari de sistema de control de versions per a programadors, pensat en l'eficiència i confiabilitat de manteniment de versions d'aplicacions amb una enorme quantitat de fitxers de codi font.

Gnuplot és un programa informàtic flexible per a generar gràfiques en dues i tres dimensions de funcions i dades. El gnuplot pot produir els gràfics directament a la pantalla o en diferents formats d'arxiu gràfic, com PNG, EPS, SVG o JPEG entre d'altres.

És un paquet de programari per a anàlisi economètrica escrit en el llenguatge de programació C. Interfície fàcil i intuïtiva multi-idioma. Inclou una gran varietat d'estimadors i mètodes de sèries temporals. Els resultats dels models es poden guardar com fitxers LaTeX, en format tabular i / o d'equació. Inclou un potent llenguatge de programació via 'scripts'. Genera gràfics via gnuplot.

Jamovi, a més d’un full de càlcul complet, ofereix un conjunt complet d’eines d’ anàlisi: proves T, ANOVA, correlació i regressió, proves no paramètriques, taules de contingència, fiabilitat i anàlisi factorial, etc. Pot utilitzar la sintaxi de R. Té versió en cloud i d’escriptori

JASP és un programa de codi obert amb el suport de la Universitat d'Amsterdam. Té una interfície intuïtiva que s'ha dissenyat pensant en l'usuari. JASP ofereix procediments d'anàlisi estàndard en la seva forma clàssica i bayesiana. Integrat amb l'Open Science Framework (OSF) i suport per al format APA (copiar gràfics i taules directament a Word). Té versió on-line

Jmol és un visor tridimensional de models moleculars que permet realitzar manipulacions i càlculs a partir d’aquests models. És un visor Java per a estructures químiques en tres dimensions, amb prestacions per a compostos químics, cristalls, materials i biomolècules. Permet tres tipus d’ús diferents: com a programari independent, com a applet de Java que es pot incrustar en una pàgina web i com a eina de desenvolupament.

MacTeX és una distribució TeX / LaTeX per a Mac OSX.

Maxima és un sistema per a la manipulació d'expressions simbòliques i numèriques, incloent diferenciació, integració, expansió en sèries de Taylor, transformades de Laplace, equacions diferencials ordinàries, sistemes d'equacions lineals, vectors, matrius i tensors. Maxima produeix resultats d'alta precisió usant fraccions exactes, nombres enters de precisió arbitrària i nombres de coma flotant amb precisió variable. Addicionalment pot graficar funcions i dades en dues i tres dimensions.

MiKTeX és una distribució TeX / LaTeX per a Microsoft Windows . Les característiques més apreciables d'MiKTeX són la seva habilitat d'actualitzar-per si mateix descarregant noves versions de components i paquets instal·lats prèviament, i el seu fàcil procés d'instal·lació. Té compiladors TeX i LaTeX, convertidors per generar arxius PostScript (.ps), .pdf, .html, etc .; i eines per a generar bibliografies i índexs.

NetBeans és una plataforma de desenvolupament de programari escrit en Java. La plataforma NetBeans permet desenvolupar aplicacions a partir d'un conjunt de components de programari modulars anomenats mòduls. Les aplicacions basades en la plataforma NetBeans, incloent el NetBeans entorn de desenvolupament integrat (IDE), es poden estendre per desenvolupaments de tercers. El NetBeans IDE està pensat principalment per al desenvolupament en Java, però també és compatible amb altres llenguatges, com PHP, C / C ++ i HTML5.

GNU Octave és un llenguatge d'alt nivell interpretat, destinat principalment per als càlculs numèrics. Proporciona capacitats per a la solució numèrica de problemes lineals i no lineals, i per realitzar altres experiments numèrics. També proporciona àmplies capacitats de gràfics per a la visualització i manipulació de dades. Octave s'utilitza normalment a través de la seva interfície de línia d'ordres interactiu, però també es pot utilitzar per escriure programes no interactius.

OpenGrADS busca el desenvolupament d'interfícies avançades i extensions per a millorar GrADS (Grid Analysis and Display System). GrADS és una eina interactiva per facilitar l'accés, manipulació i visualització de dades de ciències de la terra. OpenGrADS facilita el desenvolupament d'un marc per a les comandes i funcions definides per l'usuari i ofereix interfícies per a llenguatges de script com Perl, Python, PHP, així com per a eines científiques com IDL, Octave i Matlab.

Pencil es un eina per a programadors que permet fer plantilles, diagrames de suport i de fluxe i prototipus d’interfícies d’usuari.

PHYLIP (Phylogeny Inference Package) és un paquet de programes per inferir filogènies (arbres evolutius). Mètodes que estan disponibles en el paquet inclouen parsimònia, matriu de distància, i mètodes de probabilitat, incloent arbres bootstrapping i de consens. Els tipus de dades que poden ser manejats inclouen seqüències moleculars, freqüències de gens, llocs de restricció i fragments, matrius de distància, i els caràcters discrets.

Praat és una eina d'anàlisi d'àudio de gran abast que li donarà als lingüistes un alt grau de control sobre espectrògrafs. Permet llegir sons gravats amb el programa o arxius d'àudio gravats d'una altra manera. Un cop carregat, Praat genera un gràfic d'ones que indiquen entonació, intensitat, volum i altres detalls complexos. Praat és capaç d'aïllar certs fragments de so manualment o utilitzant scripts.

R és emprat per a desenvolupar programes estadístics i per anàlisi de dades, i n’ha esdevingut en estàndard. R empra una interfície de comandes per a obtenir els resultats desitjats, tot i que hi ha diverses interfícies gràfiques disponibles, com per exemple RStudio.

RasMol és un programa de gràfics moleculars que permet la visualització de proteïnes, àcids nucleics i molècules petites. El programa està dirigit a mostrar per pantalla, i a l'ensenyament i la generació d'imatges de qualitat per a la seva publicació.

RStudio és un entorn de desenvolupament integrat per a R. Inclou una consola, un editor de sintaxi que suporta l'execució directe de codi, així com eines per al traçat, la història, la depuració i la gestió de l'espai de treball.

SageMath, anteriorment Sage o SAGE (System for Algebra and Geometry Experimentation) és un programari matemàtic amb característiques que cobreixen molts aspectes de les matemàtiques, incloent àlgebra, la combinatòria, matemàtiques numèriques, teoria de nombres, i càlcul.

Scilab és un paquet computacional numèric, i un llenguatge de programació d'alt nivell orientat numèricament. Pot ser utilitzat per al processament de senyals, anàlisi estadística, millora de la imatge, simulacions de dinàmica de fluids, optimització numèrica, i el modelatge, simulació de sistemes dinàmics explícits i implícits.

Weka és una col·lecció d'algoritmes d'aprenentatge automàtic per a tasques de mineria de dades. Els algoritmes o bé es poden aplicar directament a un conjunt de dades o cridades del propi codi Java. Weka conté eines per al pre-processament, classificació, regressió, clustering, regles d'associació, i visualització de dades.